این بنا در محوطه مشجری به ابعاد ۱۵۰ در ۲۰۰ متر قرار دارد که مقبره سید امین‌الدین جبراییل به صورت یک هشت ضلعی در وسط باغ قرار گرفته‌است. قسمتی از نمای پاکار بنا از سنگهای منتظم ساخته شده که روی آنها دیوارهای جانبی بقعه از آجر بنا شده‌است. بیرون بقعه با تزیینات کاشی به صورت تلفیقی کار شده‌است. سقف این بقعه مسطح است که در وسط آن گنبد آجری به نسبت بزرگی قرار دارد. در ورودی بقعه یک ایوان قرار گرفته که دارای تذهیب کاشی است. در دو طرف در ورودی نقش یک شیر و یک پلنگ کشیده شده‌است که با زنجیر به یکدیگر بسته شده‌اند. سبک نقاشی مربوط به دوره صفوی است. در داخل رواق بقعه گچبری و مقرنس‌کاری بسیار ظریف و زیبایی کار شده‌است. در دو طرف رواق دو خواجه‌نشین ساخته شده که به اتاقهای کوچکی منتهی می‌شوند. از وجود اتاق‌ها برای بیتوته زائرین بقعه استفاده می‌شده‌است. سقف رواق دارای گچبری است. این گچبری‌ها با رنگهای طلایی و آبی دارای اسلیمی‌های زیبا و گلهای شاه‌عباسی است که حاکی از آرامش و معنویت محیط و فضای بقعه‌است. دیوارهای کناری رواق دارای کاشیکاری معرق است و در برخی قسمت‌ها کاشی‌های اصیل هشت ضلعی کار شده‌است. درب ورودی بقعه از چوب جنگلی ساخته شده که روی آن اشکالی به شکل لوزی و هشت ضلعی نقش بسته‌است. آثار هنری از جمله کنده کاری و منبت بر روی این در مشاهده می‌شود. در وسط رواق، مقبره صندوق چوبی و ساده سید امین‌الدین جبراییل قرار گرفته که ابعاد آن ۵/۱در۲در۳ متر است. بنا بر گفته جهانگردان، در دوره صفوی این بقعه دارای فرشهای زیبا و پرده‌های نفیس بوده که اکنون اثری از آنها باقی نیست. روی ازاره بیرونی دیوارهای جانبی بقعه آیاتی از قرآن به صورن گچبری نقش بسته که از اهمیت هنری شایان توجهی برخوردار است. در دو طرف شاه‌نشین جنوبی بقعه، دو اتاق شش ضلعی قرار دارد که دارای سقف مقرنس زیبا و ظریفی است که کتیبه‌ای بر روی در چوبی آن حکاکی شده‌است.

گنبد اين بقعه، دوپوش است كه پوشش زيرين با كاسه كاري هاي و مقرنس هاي گچي بسيار زيبا مزين گشته و به شيوه دوران صفويه رنگ آميزي و نقاشي شده اين مقرنس كاري ها احتمالاً در زمان شاه عباس اول دوباره تعمير شده است. دور تا دور داخل بقعه با كاشي هاي گوناگون كاشي كاري شده و در ارتفاع تقريبي 80/1 متر از كف بقعه در بالاي قسمت كاشي كاري شده به خط زيبايي از گفتار مولا علي و قرآن مجيد جملات وآياتي نوشته اند. بالاي اين كتيبه ها تا نزديك سقف، گچ كاري شده و نقاشي هاي زيبايي با رنگ هاي مختلف كشيده شده است. نماي خارجي بقعه درسوي مشرق بنا هم داراي سه درب و چهار پنجره و سه ايوان و طاق نماي كوچك است كه كاملاً با نماي ديوار خارجي غربي بقعه قرينه است و روي ديوار، نام "الله"، "محمد" و "علي" باكاشي فيروزه اي رنگ نوشته شده است. بقعه شيخ جبرائيل – مقبره شيخ امين الدين جبرائيل پدر شيخ صفي الدين، در قريه كلخوران كه در سه كيلو متري شمال اردبيل واقع شده متعلق به نيمه اول سده دهم هجري بوده و در تاريخ 15 /10/ 1310 تحت شماره 65 جزو آثار ملي به ثبت رسيده است. بناي مقبره كه در وسط محوطه ي وسيع و با صفايي كه مشهور به باغ شيخ است واقع شده و تقريباً از لحاظ هندسي داراي شكل چهار ضلعي است كه طول آن 19 متر و عرض آن 20 13 متر و از قسمتهاي زير تشكيل يافته است: حياط بقعه – ايوان جلو بنا – رواق – بناي اصلي بقعه – حجرات و غرفه‌ها

ايوان جلو بنا: به عرض 5/3 متر و طول 5/4 متر در سمت شمال بنا واقع شده و به اندازه 70 سانتي متر (سه پله سنگي) از كف حياط شيخ بلندتر است و در دو طرف در ورودي مشرف به رواق دو طاق‌نما از كاشيهاي معرق سالم باقي مانده است و قسمتهاي پايين ديوارهاي آنها داراي كاشيكاري نفيسي است كه وسط آنها گلدانهايي با گلهاي كاشي‌كاري شده خودنمايي مي‌كند و داراي در نقره‌اي گرانبهايي بوده كه متأسفانه باقي نمانده و اكنون به جاي آن در چوبي ساده‌اي كار گذاشته‌اند.

رواق: به طول 85/6 متر و عرض 15/4 متر، و داراي گچبريهاي كنده كاري شده است. بنابه اظهار باستان شناسان، در دو نوع خود بي شك منحصر به فرد بوده است. اين رواق داراي در چوبي است كه از چوب گردو ساخته شده و كنده كاري شده و به داخل بقعه اصلي باز مي شود. در اين قسمت اخيراً ‌در روزهاي پنج شنبه مجالس وعظ از طرف ساكنين قريه كلخوران برگزار مي‌شود. ناگفته نماند در اينجا دو غرفه كوچك در طرفين در ورود به بقعه قرار گرفته و پايين ديواره هاي اين قسمت كاشي كاري منظم و نفيسي دارد كه اخيراً از طرف اداره باستان شناسي به وسيله كارگران كاشي كار اصفهاني مرمت گرديده است.

حجرات: در هر گوشه بناي اصلي بقعه، حجراتي مخصوص سكونت كساني كه به زيارت مرقد شيخ از اكثر نقاط مختلف ايران، براي زيارت مي آمدند بنا شده بود و يكي از اين حجرات داراي ساختماني بسيار مهم است كه در سقف آن از نوع گچبريهاي كنده كاري شده ديده مي شود. نقوش آن قرمز متمايل به قهوه اي است. و كف آن تقريباً مربع شكل بوده و داراي ديواره‌هايي است كه به طرز زيبايي كاشي كاري گرديده و در اطراف اين قسمتها، اشعاري به خط نستعليق نوشته شده كه بعضي از آنها خواناست.

مقايسه بقعه شيخ جبرائيل با بقعه شيخ صفي: علت اينكه بقعه شيخ جبرائيل، نسبت به بقعه شيخ صفي داراي خرابي‌هاي بيشتري است، اين است كه قدمت اين بقعه نسبت به بقعه شيخ صفي بيشتر بوده و قبل از مرگ شيخ صفي الدين، اولاد شيخ صفي فقط براي تزيين و تعمير بناي بقعه شيخ صفي همت گماشته اند و مخصوصاً شاه عباس كه نوه شيخ صفي بوده با علاقه فراواني كه به جد خويش و بقعه آن داشته در مرمت و زيبايي بقعه شيخ صفي بسيار كوشيده است. ديگر اينكه بقعه شيخ جبرائيل تقريباً در خارج شهر ساخته شده است. مهمتر از همه اينكه در بقعه شيخ صفي شخصيتهاي ممتاز سلسله صفويه مدفونند.

صندوق چوبي ساده اي در وسط بقعه قرار دارد و پوشش داخلي گنبد، داراي مقرنس‌هاي كم نظيري از شاهكارهاي صنعت معماري دوره صفويه است كه متأسفانه قسمتي از پوشش خارجي گنبد بر اثر نفوذ آب باران و رطوبت فرو ريخته و قابل تعمير نيست. در سقف آن در كناره ي نقش و نگار كاشي كاري شده وسط، عبارت زير به چشم مي خورد، خادم آستانه سيد جبرائيل، آقاي مير حيدر. در كتاب هيئت علمي در ايران (ژ ـ مورگان) نوشته شده، سابقاً گنبد داراي كاشي فيروزه و رنگ طلايي و خطوط كوفي و گچبريهاي عالي و مقرنس‌هاي نفيسي بوده كه به مرور زمان از بين رفته و آب باران آب طلاي اين گنبد را شسته و برداشته است. منبت كاري مدخل بين رواق و بقعه از نظر صنعت حايز اهميت وافري است. روي آن در يكي از كتيبه‌ها اشعاري داير بر مدح شيخ به خط نستعليق زيبايي منبت كاري شده كه متأسفانه قسمتي از آن از بين رفته است.  تاريخ ساخت بقعه شيخ جبرائيل طبق كتيبه مختصري كه در زير يكي از مقرنس‌هاي گوشه شمال غربي زير گنبد ديده مي شود در سال 1011 بوده. نوشته كتيبه عبارت است از: «عمل كمترين بندگان شاه طاهر بن سلطان محمد نقاش 1011». از كتيبه فوق چنين بر مي آيد اين بنا در زمان شاه عباس اول تعمير و مرمت شده است. در سال 1334 هجري زير نظر و توسط مشهد محمد آقا عتيقه چي تبريزي الاصل اردبيلي المسكن، قسمتي از نقاشي‌ها و گچبريهاي داخلي به طرز تقريباً شبيه به كارهاي اصلي تجديد و مرمت گرديده است. قسمتهاي ديگر داخلي بقعه اصلي تقريباً تا 15 متر نيز كاشي كاري شده. بايد گفت كه تمام بقعه شيخ جبرائيل از نظر اينكه داراي ديوارهاي دو جداره كلفت و توخاليست از شاهكارهاي معماري و بنايي قرون گذشته بوده و از اين لحاظ نيز اهميت زياد دارد.

اقدامات اخير: در سالهاي اخير بمنظور حفظ اين مكان تاريخي و باستاني در عين حال مقدس كه قرنها از تاريخ ساختن آن مي‌گذرد از محل اعتبارات اوقافي و دولتي، پشت بام بقعه بمنظور جلوگيري از نفوذ باران و برف و ريزش ، سيمان كشي شده و تعميرات ضروري در آن شده است. ولي متأسفانه قسمتهاي مهمي از ديوارهاي اطراف آن شكافهاي بزرگي برداشته كه جا دارد اولياي امور اوقافي به مرمت آن اقدام نمايند.